Provoz na "Severní dráze císaře Ferdinanda" v úseku Vídeň - Brno, začal již od června 1839. Za nerušeného provozu se rozpoutala  5.srpna odpoledne  v Hrušovanech a celém okolí bouře s průtrží mračen, která trvala celou noc. Největší škody napáchala v okolí Hrušovan. Brněnské noviny psaly:

Největší škody napáchala tato živelní pohroma na železnici. V okolí Hrušovan se podél železničního náspu dva sáhy (asi 4 m) vysokého vzedmuta voda do výše jednoho sáhu a v bezprostřední blízkosti Hrušovan strhla zděný dvaapůl sáhu široký most. Síla vodního proudu byla tak mocná, že ač byl tento most pevně vystavěn z cihel a kamene, rozmetala jej voda tak, že po něm nezbyla ani stopa. Dokonce i jeho základy byly do hloubky vymeteny a cihly rozházeny daleko od náspu. V samotném náspu,  jenž je v patě  sedmnáct sáhů (32m) široký, vznikla trhlina v délce téměř 25 sáhů (asi 47m). O tom, jak velikou sílu musela mít dravě se valící voda, svědčí i to, že vyvrátila staré vrby z kořenů a pronesla je tímto otvorem.

Doprava byla přerušena na necelé dva měsíce a prozatím zřízena náhradní doprava povozy. Bylo dohodnuto, že místo strženého mostu s jedním obloukem o světlosti pěti metrů postaví železniční společnost nový zděný most o třech obloucích, každý o světlosti devíti metrů. Most byl hotov 28.září a provoz na železniční trati Vídeň - Brno o den později.

Při rozšiřování trati na dvojkolejnou v roce 1936 byl most upraven a zároveň byl zasypán jeden z oblouků směrem k hřbitovu. Dodnes si okolí kolem mostu uchovalo název U tří mostů.

V roce 1999 byla ukončena modernizace železničního koridoru Brno - Vranovice. Na most a železniční podjezd byla upevněna tabulka s letopočtem roku opravy - 1998, i když podjezd i most byly vybudovány v letech 1936 a 1839 - a to na tabulkách chybí.

Nádraží

Se stavbou nového nádraží bylo započato v roce 1871. Původní nádraží stávalo u bývalé výtopny, byla to jen malá budka,  kde od 1.srpna 1858 železniční zřízenec začal prodávat lístky - ten den byla zahájena v obci železniční osobní doprava. Nová budova byla slavnostně otevřena v roce 1872  a nádraží  rozšířeno na tři koleje a nákladní dopravu. Na nádraží byla postavena slavobrána, na radnici se podávalo tolik vína, že se napil každý, kdo přišel. Kdo platil, nikdo nevěděl. Stavbu navrhl a stavěl  Jirusch, otec stavitele K. Jirusche. V roce 1888 byla budova zvětšena o jedno patro.

Na podzim 1894 se začala stavět místní dráha (lokálka) do Židlochovic. Určitě na popud cukrovaru, který tak mohl z cukrovaru v Židlochovicích přivážet do hrušovanské rafinerie zpracovaný surový cukr. V roce 1895 byla lokálka dokončena a stala se tak první lokální dráhou na úseku Brno - Břeclav.

Železniční stanice nesla původní název Hrušovany na Moravě, od roku 1920 se jmenovala Židlochovice - Hrušovany, od roku 1925 je konečný název Hrušovany u Brna